CGIAR và các cơ quan của nó, bao gồm cả IFPRI, đã bị chỉ trích vì kết nối của họ cho các chính phủ phương Tây và kinh doanh nông nghiệp đa quốc gia, mặc dù các ấn phẩm nghiên cứu của nó cũng đã được trích dẫn bởi các nhà phê bình của sinh vật biến đổi gen trong nông nghiệp. IFPRI mô tả mình là "không phải là một người ủng hộ cũng không phải là đối thủ của cây trồng biến đổi gen." Ngoài ra, nhiều nguồn tin nhận CGIAR là có hỗ trợ các hộ sản xuất nhỏ và nông dân nghèo Trung ương đến sứ mệnh của mình.